بعون الله وتوفيقه ثم بفضل توجيهات المغفور له بإذن الله الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان، مؤسس دولة الإمارات العربية المتحدة، تم إنشاء مدرسة الطيران في قاعدة الظفرة الجوية (أبو ظبي) في يونيو، 1982. ويرجع ذلك للحاجة إلى إعداد طيارين مؤهلين لمواكبة، التطور السريع في مجال الطيران، وتطوُّرات الجيش المطردة في اختصاصاته المختلفة، وذلك لاختلاف أساليب التدريب، واختلاف العادات والتقاليد في الدول الأجنبية، بالإضافة إلى ارتفاع تكلفة تدريب وإعداد الطيارين خارج الدولة.

في عام 1984، تم تحويل المدرسة إلى كلية طيران تسمى الكلية الجوية، وكانت في ذلك الوقت تحت قيادة الرائد الطيار الشيخ محمد بن زايد آل نهيان، حيث أراد أن تكون نواة لتدريب الطلاب المرشحين وتخرجهم كضباط طيارين أكفاء في عملهم، وتأهيلهم لخدمة وطنهم.

نظرًا للزيادة المطردة في عدد المرشحين، وازدحام الأجواء حول قاعدة الظفرة الجوية، ووجود مطار أبو ظبي الدولي بالقرب نسبيًّا من القاعدة، كان هناك حاجة لنقل الكلية إلى مقر جديد من شأنه الاستعداد لاستقبال أعداد أكبر من المرشحين، وتوفير المجال الجوي ومناطق التدريب المطلوبة لتدريب المرشحين الطيارين، واستيعاب التطور المستقبلي للكلية؛ لذلك تم اتِّخاذ القرار ببناء مقر جديد للكلية في مدينة العين، بحيث تتوفر أحدث الأجهزة والمعامل والتجهيزات التكنولوجية والعلمية الحديثة لمواكبة التطوّر العالميّ في مجال الطيران. تم الانتقال إلى تلك المباني في عام 1995.

في عام 1996، تم افتتاح المباني الجديدة للكلية الجويّة في العين، برعاية وحضور صاحب السمو الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان -رحمه الله-، وتم تغيير اسم الكلية إلى "كلية خليفة بن زايد الجوية".

في عام 2007، حصلت الكلية على الاعتماد المؤسسي من وزارة التعليم العالي والبحث العلميّ في الدولة، وتمَّ اعتمادها كواحدة من المؤسسات الأكاديميّة المعتمدة في دولة الإمارات العربية المتحدة.

تمَّ الاتفاق بين القيادة العامة للقوات المسلحة وكليات التقنية العليا على تنفيذ البرنامج التعليميّ الذي تمنح بموجبه كليات التقنية العليا بالدولة درجة البكالوريوس في علوم الطيران بالاختصاصات الآتية: